El diagnóstico microbiológico de la infección SARS-CoV-2 tiene dos objetivos. En primer lugar, tiene un objetivo clínico ya que permite llegar al diagnóstico etiológico en pacientes con infección respiratoria aguda. En pacientes con infección moderada o grave por SARS-CoV-2 el diagnóstico microbiológico es esencial para identificar a aquellas personas que se benefician de un tratamiento específico. Por otro lado, el diagnóstico microbiológico tiene un objetivo epidemiológico que es el de identificar pacientes contagiosos para poder aislarlos, analizar los contactos y cortar así las cadenas de transmisión. Es por tanto uno de los elementos fundamentales en la estrategia de control de la pandemia COVID-19, aunque su valor para este fin depende enormemente de la implementación de estrategias de aislamiento de los individuos que pueden transmitir el virus.

En el actual contexto epidemiológico de la pandemia COVID-19, de cara al inicio de la temporada de infecciones respiratorias causadas por virus respiratorios estacionales, cuyas manifestaciones son frecuentemente indistinguibles de COVID-19, es necesario integrar la detección de SARSCoV-2 en el algoritmo diagnóstico junto con esos virus estacionales (ver Documento de estrategia diagnóstica de infecciones respiratorias). Por este motivo se prevé una fuerte demanda de diagnóstico microbiológico de COVID-19 de forma sostenida en los próximos meses que pueden amenazar la capacidad del sistema. En este contexto se elabora este documento que pretende:

• Describir las principales características de las técnicas de laboratorio disponibles para el diagnóstico microbiológico de COVID-19.
• Propuesta para priorizar la utilización de las técnicas de laboratorio para la detección de SARS-CoV-2 en función del contexto clínico y/o epidemiológico.
• Diseño de estrategias de optimización de uso de las técnicas de diagnóstico microbiológico de COVID-19 con la intención de contribuir a evitar la saturación del sistema y de minimizar el impacto de limitaciones o incidencias derivadas de la sobrecarga de la cadena de suministros.

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Organización del diagnóstico de SARS-CoV-2 y estrategias de optimización